消化系統方面：噁心及嘔吐是最常見的副作用，大約出現在50%的人身上。分成多次在飯後服藥可以減輕這方面的不舒服。噁心嘔吐在剛開始服藥的幾個星期會發生，會慢慢減輕，如果是治療的後期變得比較嚴重，則要考慮鋰中毒的可能性。另外有30%的人會抱怨體重增加。

中樞神經及肌肉方面：這方面包括疲倦、頭暈、覺得手腳較沉重無力、手抖、思變得比較遲鈍不敏銳。一般治療劑量下，鋰引起的手抖屬微抖，鋰中毒時，手抖會很明顯。

腎臟系統腎臟系統：頻尿及易口渴也是常見的副作用，多數人這類副作用會慢慢改善，但是少數人會出現尿崩症。所以在治療前需檢查腎功能，治療期間也要定期檢查腎功能。

循環系統方面：鋰可引起類似低血鉀的心電圖變化，這些變化通常是良性的。少數人會出現較嚴重的心臟竇節傳導障礙，所以心臟病患者用鋰鹽要小心。

皮膚方面：有些人會出現長面皰、掉髮。少數人會出現牛皮癬。另外有些人服用鋰鹽後會出現史蒂芬斯－強森症候群，嚴重者會致命。

甲狀腺功能：有些人會呈現甲狀腺機能低下，一些人在繼續治療中，甲狀腺機能會復原，有一些需要服用甲狀腺荷爾蒙。

精神方面：有些人服用後會有躁動的情況(兩腳不住跺著地面的行為)。

(注意)長期服用鋰鹽可能影響甲狀腺和腎功能，患者必須定期追蹤。

对于大部分的患者，锂不会降低智力，反而会稍微出现一些改善。[32]

约有5%的患者在服用锂时出现体重上升。体重上升一开头会比较快，但之后就会在1–2 kg这个范围内稳定下来。[33]

肾脏

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比较老的文献认为锂和肾病有关联性。[34][35] 大约一半的长期用者有腎源性尿崩症，[35]传统上认为还可能恶化到后期尿崩，[36][37]甚至0.2-0.7%最终肾衰。[38]

更新的、更严谨的临床数据并不能证明锂有这些严重伤害。[31]Nielsen et al. (2018)收集了2010年起的6个大型观察式研究，发现肾功能降低的情况有被监视偏差夸大。[39]Davis et al. (2018)采用1977–2018的文献，发现锂和慢性肾病和肾衰竭的关联证据不足，且研究数据互相矛盾。[40]

全美国的研究指出，锂维持在在0.6–0.8 mmol/L浓度，并每三到六月测量肌酸酐，足以防止肾病产生。[39]

甲状腺

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传统认为锂会导致甲状腺功能减退（甲减）。实际上甲减是双相患者常见的并发症，和锂没有统计学上有意义的关系。Lambert 等人 (2016) 比较了使用 9 种不同药物治疗的双相情感障碍患者的甲状腺功能减退症发生率，发现锂盐使用者在双相情感障碍患者中的甲状腺功能减退症发生率并不特别高 (8.8%)，仅为 奥卡西平 使用者 (6.3%) 的 1.39 倍。锂盐和喹硫平在甲状腺功能减退症发生率方面没有统计学差异。然而，锂盐使用者接受甲状腺功能减退症检测的频率比使用其他药物的人高得多。作者写道，在理解锂盐对甲状腺的影响时可能存在监测偏差，因为锂盐使用者接受检测的频率是其他药物的 2.3 到 3.1 倍。此外，作者认为，由于无论是否接受锂盐治疗，甲状腺功能减退症在双相情感障碍患者中都很常见，因此应该对所有双相情感障碍患者进行定期甲状腺检测，而不仅仅是那些接受锂盐治疗的患者。[41][39]

怀孕

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病例报告显示孕早期用锂会增加先天性心臟病风险。发病率和剂量相关，高剂量更危险。锂增加的畸形风险常处于統計顯著性的边缘：2017年的AMX档案研究仅发现孕早期日服900毫克以上碳酸锂有显著的畸形风险；[42]2018年的荟萃研究未发现孕早期使用和先心病有显著的关系，但发现和“各种畸形”总体而言有显著的关系。[43]锂对于其他方面的影响相对轻微。2024年荟萃分析认为“在孕期中任何时期的暴露”会轻微提高早产和胎儿出生时身体大于正常的风险。[44]

锂对于预防孕期和产后复发确实有效。[42]考虑到停用锂后果可能严重，也有权衡利弊后医患共同决定[45]继续使用的情况。推荐这类病人使用超声检测胎儿心脏发育。[46]由于怀孕会降低血锂水平，也建议这类病人更常检测血锂浓度。[42]相比丙戊酸和卡马西平，锂的致畸性弱很多，因此有做这种决定的空间。双相也有致畸性更弱的药物，如拉莫三嗪和抗精神病药。[47]

在生产后立刻开始用锂，也对预防产后复发和产后思觉失调有用。对于有产后思觉失调史的患者而言，这样做的效果足够。对于确诊双相的患者而言，这样做的效果不如孕期继续用锂。[42]

如果双相患者处于情绪稳定状态（euthymia）并打算备孕，那么可以考虑是否要停用锂。如果在服用锂时发现怀孕，停用则没有意义。[44]

未发现锂对胎儿的大脑发育有影响。[48]

哺乳

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少量锂进入乳汁，暂不明确是否有后果。在有定期监测婴儿健康，且锂控制情绪确切有效的情况下，哺乳时用锂或许可以接受。[49][50]